Ližnjan se prvi puta spominje 1149. godine, kao Lisianum, iako neki smatraju da se spominje prvi put 990. kao seoska vila (villa) kada se naziva Liciniana ili Licinianum. Ime mjesta povezuju s rimskim rodovskim imenom nekadašnjeg vlasnika zemljišta Licinius. Ližnjan je vjerojatno bio važno naselje bizantskog doba (6-8. stoljeća), o čemu svjedoče ostaci jedne bizantske crkve iz 6. stoljeća, koja je bila podignuta na mjesta današnje mjesne crkve.
U rimsko doba područje oko Ližnjana bilo je ključno za nadzor prometnog čvora između uvale Budava gdje je bila glavna luka Histra i premanturskog rta, oko kojeg je prolazio cjelokupan promet sa sjevernog Jadrana prema jugu. Do 1331. Ližnjan je dio posjeda Pulske biskupije, a nakon toga potpada pod vlast akvilejskog patrijarha. Kao župa, Ližnjan se spominje 1582. godine. Prvi stanovnici Ližnjana dolaze na ove prostore s područja Sinja, Poljica i Imotskog. Od 14. stoljeća pa sve do kraja 18. stoljeća ovim prostorima upravljala je Mletačka Republika. U novijoj povijesti ovaj kraj potpao je pod francusku, austrijsku i talijansku vlast, ali je bio u sastavu Slobodnog Teritorija Trsta, pa dio socijalističke Jugoslavije da bi danas bio sastavni dio Republike Hrvatske.
Od 16.-17. stoljeća nastaju nova sela – Valtura, Jadreški, Muntić, a nanovo je naseljen Ližnjan. Sredinom 16. stoljeća (1527.) u Ližnjanu je prvi puta izbila kuga i ponovila se 1631. s katastrofalnim posljedicama kada su po nekim pretpostavkama umrli gotovo svi stanovnici Ližnjana (prema popisu iz 1624. Ližnjan je brojio 200 stanovnika). Godine 1853. Ližnjan je imao 931 sanovnika. Ližnjan je 1855. zahvatila kolera koja je odnijela 19 života. Za Ližnjan je karakteristično da se desetljećima nije mjenjao broj stanovnika, a od 17. stoljeća prisutan je lagani porast. Jedini značajni pad stanovništva bilježi se tijekom Prvog svjetskog rata od 1915-1917., kada je većina stanovništva morala napustiti Ližnjan i otići u Češku, Austriju i Mađarsku.
Krajem Prvog svjetskog rata (16. studenog 1918.) pred obalama se dogodila pomorska tragedija talijanskog broda "Cesare Rossarol" u kojoj je izgubilo živote većina pripadnika posade jer je brod naletio na postavljenu podmorsku minu. U spomen na tragediju, ožalošćene obitelji su podigle 1919. spomenik nedaleko Rta Munat Veliki. Kroz desetljeća promijene različite vlasti od austrijske pa do talijanske uprave, Ližnjanci su po nacionalnom sastavu u golemoj većini bili Hrvati. Nakon podosta provedenih godina pod Italijom, njezinom kapitulacijom dolazi do masovnog ustanka naroda Istre, kojima su se pridružili stanovnici Ližnjana. U NOB-u pala su 135 borca općine Ližnjan (Ližnjan 17, Jadreški 29, Muntić 20, i Valtura 35 boraca) kojima su u znak zahvalnosti podignuti spomenici.